La Junta Intermunicipal de la Cuenca Baja del Río Ayuquila (JIRA) creada en 2007 es la primera de las 12 que existen en todo jalisco, que abarcan el 97.6% de los municipios. Este modelo de gobernanza en esta región ha generado diversos proyectos para la conservación del medio ambiente.
La Junta Intermunicipal de Medio Ambiente del Ayuquila Alto (JIDELAA) convoca a personas del sector artesanal, gastronómico, turístico, agropecuario o forestal de tres municipios (Chiquilistlán, Atemajac de Brizuela y Tapalpa) a una sesión de diálogo ciudadano para definir una marca que represente el patrimonio biocultural de la región.
La Junta Intermunicipal de la Costa Sur (JICOSUR) ocupó el segundo lugar en superficie siniestrada por incendios forestales con 31 mil 341 hectáreas, de acuerdo al reporte estadístico de manejo del fuego 2024 de la Secretaría de Medio Ambiente y Desarrollo Territorial (SEMADET).
